三苏祠原为三苏父子故居。
南宋,将故宅改为祠堂。
明代洪武二十九年(1396),重修三苏故宅。明末三苏祠毁于兵燹,仅存五碑一钟。
清代康熙四年(1665),眉州知州赵蕙芽主持重建三苏祠的主体建筑:飨殿、启贤堂、来凤轩和瑞莲亭。
嘉庆十八年(1813),在启贤堂之后檐辟修木假山堂,且将原来的木假山房更名为济美堂。
同治十年(1871),修大厅及四面砖墙。
清光绪元年(1875),四川督学张之洞来眉倡导修建了云屿楼、抱月亭。
清光绪二十四年(1898),重建披风榭于三苏祠。
民国八年(1919),眉山驻军旅长陈国栋进驻三苏祠,筹资对三苏祠进行大维修。民国十七年(1928)眉山人彭月江担任三苏祠事务所所长兼东坡会会长,主持扩建三苏祠。修建了采花舫、半潭秋水一房山、八风亭、船坞、百坡亭廊桥等。
民国二十五年(1936),扩建三苏祠,并正式更名为三苏公园。
1959年,成立三苏纪念馆,10月1日,正式开馆展出,接待游客。
1964年,更名为人民公园。
1976年,在西部园林区内,修建了茗香轩和绿筠轩。1977年,省文化厅拨款维修云屿楼。
1979年,四川省文化局批准将三苏公园更名为三苏文物保管所。
1980年7月,四川省人民政府公布三苏祠为四川省重点文物保护单位。
1980年,在原消寒馆旧址上修建碑亭,并将馆藏木刻、石刻移入展出。维修了抱月亭、瑞莲亭、船坞,将抱月亭的重檐草顶改成了攒尖式重檐青瓦顶。
1981年,改建南大门,将原来的牌坊式门面改建为三檐歇山式屋顶。
1982年4月,在大殿内重塑三苏父子像,在披风榭前面的水池上新塑苏轼的盘陀坐像。维修济美堂,改名为“来凤轩”。
1984年,维修启贤堂、东西厢房,对殿堂四周实施保坎工程,新建游船舫。
1987年,成立三苏博物馆。
1988年,文化部拨专款修建文物库房,同时修复式苏轩。维修中搬迁八风亭,拆除旧房三间,将式苏轩北移。
1992年,改建西大门。
1995年,修建南堂。
2002年,对南大门、西大门、快雨亭、墨庄进行了维修。
2003年11月,更名为三苏祠博物馆。
2005年4月,更名为眉山三苏祠博物馆。
2007年三苏祠完成六大改造提升工程:(1)新建三苏纪念馆;(2)祠堂东侧的苏祠中学搬迁,新建成碑廊和晚香堂;(3)新建纱縠行三苏祠西南围墙空地处的几组仿古建筑,使纱縠行形成街道;(4)祠内道路水系改造;(5)改建西园工程;(6)新建游客中心和停车场。
2013年受“4•20”地震影响,三苏祠闭馆实施三苏祠“4•20”灾后抢救保护工程,对古建、园林、桥梁、山体、水系、展陈、消防、安防等进行全面修缮,2016年4月重新对外开放。
2020年11月,眉山三苏祠博物馆与四川大学合作共建的东坡书院正式揭牌运行。
2022年1月,三苏祠式苏轩文物展厅正式开展。
2024年5月,被评为国家一级博物馆。