三苏祠原为三苏父子故居。

南宋，将故宅改为祠堂。

明代洪武二十九年（1396），重修三苏故宅。明末三苏祠毁于兵燹，仅存五碑一钟。

清代康熙四年（1665），眉州知州赵蕙芽主持重建三苏祠的主体建筑：飨殿、启贤堂、来凤轩和瑞莲亭。

嘉庆十八年（1813），在启贤堂之后檐辟修木假山堂，且将原来的木假山房更名为济美堂。

同治十年（1871），修大厅及四面砖墙。

清光绪元年（1875），四川督学张之洞来眉倡导修建了云屿楼、抱月亭。

清光绪二十四年（1898），重建披风榭于三苏祠。

民国八年（1919），眉山驻军旅长陈国栋进驻三苏祠，筹资对三苏祠进行大维修。民国十七年（1928）眉山人彭月江担任三苏祠事务所所长兼东坡会会长，主持扩建三苏祠。修建了采花舫、半潭秋水一房山、八风亭、船坞、百坡亭廊桥等。

民国二十五年（1936），扩建三苏祠，并正式更名为三苏公园。

1959年，成立三苏纪念馆，10月1日，正式开馆展出，接待游客。

1964年，更名为人民公园。

1976年，在西部园林区内，修建了茗香轩和绿筠轩。1977年，省文化厅拨款维修云屿楼。

1979年，四川省文化局批准将三苏公园更名为三苏文物保管所。

1980年7月，四川省人民政府公布三苏祠为四川省重点文物保护单位。

1980年，在原消寒馆旧址上修建碑亭，并将馆藏木刻、石刻移入展出。维修了抱月亭、瑞莲亭、船坞，将抱月亭的重檐草顶改成了攒尖式重檐青瓦顶。

1981年，改建南大门，将原来的牌坊式门面改建为三檐歇山式屋顶。

1982年4月，在大殿内重塑三苏父子像，在披风榭前面的水池上新塑苏轼的盘陀坐像。维修济美堂，改名为“来凤轩”。

1984年，维修启贤堂、东西厢房，对殿堂四周实施保坎工程，新建游船舫。

1987年，成立三苏博物馆。

1988年，文化部拨专款修建文物库房，同时修复式苏轩。维修中搬迁八风亭，拆除旧房三间，将式苏轩北移。

1992年，改建西大门。

1995年，修建南堂。

2002年，对南大门、西大门、快雨亭、墨庄进行了维修。

2003年11月，更名为三苏祠博物馆。

2005年4月，更名为眉山三苏祠博物馆。

2007年三苏祠完成六大改造提升工程：（1）新建三苏纪念馆；（2）祠堂东侧的苏祠中学搬迁，新建成碑廊和晚香堂；（3）新建纱縠行三苏祠西南围墙空地处的几组仿古建筑，使纱縠行形成街道；（4）祠内道路水系改造；（5）改建西园工程；（6）新建游客中心和停车场。

2013年受“4•20”地震影响，三苏祠闭馆实施三苏祠“4•20”灾后抢救保护工程，对古建、园林、桥梁、山体、水系、展陈、消防、安防等进行全面修缮，2016年4月重新对外开放。

2020年11月，眉山三苏祠博物馆与四川大学合作共建的东坡书院正式揭牌运行。

2022年1月，三苏祠式苏轩文物展厅正式开展。